داستان فیلم درباره‎ی نوجوانانی با قدرت‎های فراطبیعی می‎باشد که توسط سازمانی مرموز از خانواده‎های خود گرفته شده‎اند و در اردوگاه‎های قرنطینه نگهداری می‎شوند. در این بین نوجوانی به نام روبی که داری قدرت جا‎به‎جا کردن اجسام با ذهن می‎باشد ، از اردوگاهش فرار می‎کند و به گروهی از نوجوانان فراری از دست این سازمان می‎پیوندد تا…

پاندای کونگ فو کار که در قسمت قبل بعد از سپری کردن تمرین های سخت و طاقت فرسا بالاخره توانست خودش را به عنوان جنگجوی اژدها اثبات کند، در این قسمت تصمیم گرفته تا به دنبال ریشه خود بگردد تا متوجه گذشته خود شود. در گیر و دار جستجوهای «پو» برای یافتن والدین واقعی اش، یک طاووس خونسرد و البته بی رحم به نام ارباب «شین» هوس کرده تا کل جهان را به تصرف خود درآورد و بساط کونگ فو را به صورت کامل از زمین ریشه کن کند...

پاندا کونگ فوکار 3 ادامه “ماجراهای افسانه ای از هیبت” خود، پوباید با حوادثی که برایش پیش میاید مبارزه کند...